土著，对他们很客气，阻止南渡的世族侵犯土著世族的利益。同时，王导又尽力满足南渡世族的利益要求，在南方世族势力较弱的地区设立侨州、侨郡、侨县，帮助南渡世族恢复元气。为了维护世族大家的利益，王导强化了门第出身与政治权力的关系。出身决定地位，豪门垄断利益。出身豪门大族的子弟，就算是块木头也能平步青云；出身寒门地主的子弟，就算是文曲星下凡也只能位列下僚，终身埋首文山案牍没有出头之日。豪门大家占尽膏腴之地，奴婢成群，竟享有种种特权。王导对东晋南朝世族势力的恶性膨胀，是要负责任的。
可在东晋之初，史载王导“镇之以静，群情自安”，赢得了各方面的赞许，尤其是得到了世族大家们的支持。琅邪王氏得益于王导的成功作为，迅速壮大，从西晋的一个二流家族后来居上，成为东晋的一等豪族。
不过，王导的“清净为政”类似于“无政”，各方面都不得罪，和稀泥，把矛盾遮盖了起来。是矛盾，总是会爆发的。王导很快遇到了第二道坎：皇帝猜忌、兄弟叛乱。
俗话说，月满则亏，盛极则衰。没有皇帝会允许他人染指皇权，分享皇权的力量与威严。司马睿对王导家族的尊崇，是立足不稳、羽翼不丰时候的权宜之计，坐稳龙椅后他就对“王与马，共天下”的传言产生了酸酸的感觉。首当其冲的问题是如何把那些不可一世的世族大家的势力给打压下去，尤其是琅邪王氏。
司马睿开始暗中限制、削弱王家的势力。性格张扬又手握重兵的王敦就成了出头鸟。司马睿提升重用刘隗、刁协等寒族人士。刘刁二人对尊马抑王一事不遗余力，不断打压王家。王导在权力场中被疏远了。讲求“清净”的王导忍得了，放荡不羁、跋扈的堂兄弟王敦忍不了。他愤慨难平，对司马睿多有怨言。鉴于王敦控制着长江中游各州的政权和军队，司马睿派刘刁二人出任地方刺史，企图钳制王敦的势力。这一下，王敦干脆造反了，招呼兄长王含等人带上大军，顺江而下，冲向建康找司马睿等人算账。
刘隗和刁协抓住把柄，劝司马睿诛杀王导和王家的所有成员。王导赶紧带上王邃、王彬、王侃等在朝廷任职的王氏宗族二十多人每天跪到宫门外候罪。司马睿意识到，离开王家支持自己坐稳不了龙椅，司马睿和王家的命运是一荣俱荣一损俱损的。赦免王导等人是最现实的选择。于是，等王导等人在宫门外跪地痛哭了几天后，司马睿被“感动”了，光着脚走出来扶起王导，拍拍他的手宽慰一番。事情就这么过去了？是的，本应株连九族的造反大