没指望鲁王会真的出兵，率领庞大的舰队继续北上，很快到达长江入海口的崇明岛附近，轻易攻占大小洋山二岛，上岸扎营，修复近乎荒废的水师营寨，建立了攻进长江口的前哨基地。
当年因为倭寇作乱，大明对长江口的海防非常重视，修建了大量的工事和炮台，前后组成三道防线，从洋山到崇明岛就是第一道防线……满清对海防却并不重视，投降的明军水师都被当做一次性的消耗品来使用，战船打掉一艘少一艘，更没有去修缮维护长江口的海防工事，只有崇明岛上底子较厚，还驻扎着一支实力较强的清军水师，并且拥有坚固的城池和营寨，是长江口最重要的海防屏障。
郑成功随即对崇明岛发起缓攻，先抢占周围的沙洲，筑圩掘壕，对崇明县城和清军水师营寨形成包围。
清军水师不敢和强大的郑家水师交战，紧逼寨门和城门，一面坚守炮台工事，等待郑家水师来攻，一面点燃烽火，向内地传讯报警。
烽堠燃起黑红色的火焰，滚滚浓烟冲上天空，当年戚继光等人在沿海修建了一千余座烽墩，传达警报非常迅速，但是这次烽火还没有传到南通，半路上就碰到连续三座废弃的烽墩，自己就断掉了。开玩笑，大清到处都要花银子，戚继光留下的这套海防工事包括无数的烽墩、墩台、兵塘、炮台、营寨和城池，最少要上万名驻军，朝廷哪有这个闲钱来养着他们？
烽火半路中断，崇明岛上的清军却不知道，他们仍然满怀信心地守在城池营寨里面……郑家水师如果从正面强攻，木头战船肯定打不过用砖石筑成的坚固炮台，郑成功虽然拥有一支庞大的水师，也会碰个头破血流。郑成功如果想要绕开崇明岛强行闯关，又会陷入长江口特殊的淤沙地形，以至于寸步难行。
据现代测算，长江每年从上游冲下来的泥沙超过两亿吨，在入海口形成了一片黄浊的泥沙浅滩，挡住了大部分的航道，俗称拦门沙，剩下的狭窄水道，又被长达百里的崇明岛一分为二，到处都是流沙冲积而成的沙洲，所以被清军看成一道天然屏障……古代的科技手段有限，吃水较深的海船想要驶入长江口，必须非常谨慎地避开沙洲，一边走一边用水砣测量深度，以免遇到浅滩搁浅，郑成功的舰队都是巨大的海船，平常都在福建和外海活动，不熟悉这里的水文情况，在崇明岛炮台的骚扰下，哪怕花上一个月也未必能进入长江口。
长江口的地形这么复杂，郑成功也感到非常头疼。他派出战船四外搜集，好容易找到十几艘可以防沙的平底沙船，但还不足以把足够的兵力